2000 年代
踏入新一個世紀，社會風氣轉變，許多學生都需要參與很多不同性質的課外活動，於童軍活動上投放的時間相對減少。縱有政府大力鼓勵青年參與制服團體，十二旅實質上積極參與活動的童軍卻比以往減少。然而，十二旅於此期間仍有不少出色的成就，例如在港島地域所舉辦的「港島地域童軍毅行」比賽當中，十二旅的隊伍屢次表現出色；在 2008 年的嘉爾頓錦標賽中，再度奪得亞軍獎項。十二旅亦連年獲得「優異旅團」的嘉許，肯定了對本旅上下的努力。
2010 年代
一零年後，學生多課外活動的風氣維持，加上班級結構改革及新高中學制的影響，本旅在發展上阻力重重。憑著中五同學的努力，加上舊生領袖的堅持，十二旅仍能保持一貫的出色成就，例如於 2016 年嘉爾頓錦標賽地域賽中取得第四，及 2019 年嘉爾頓錦標賽全港季軍，以及屢次贏出灣仔區支部技能比賽。個人成就方面，有李俊民於 2014 年考獲童軍支部最高獎章總領袖獎章，是自 1982 年有紀錄以來第一個，可謂旅團近年來上的一個零的突破；至於深資童軍支部，亦有藍君濤於 2017 年考獲榮譽童軍獎章。隨後，李卓雋及蘇熙驊亦於 2018 年考獲總領袖獎章，可見旅團人才輩出。
2020 年至今
2020 年起的兩年半間，香港受新型冠狀病毒所襲，學校根據政府指示，在停課、復課、上半日課之間不斷轉換，很多課外活動被逼延期、取消、及移師網上舉行。亦因此，香港童軍運動也進入了停滯狀態，難以發展，直至 2023 年中旬才可重新啟動。在這段期間，十二旅堅持於網上進行集會，除了教授基本童軍技能外，更重要的是給他們聯誼時間，以維繫旅團內的兄弟情。
鳴謝：
本章《2000 年代》由梁凱俊旅長撰寫，《2010 年代》及《2020 年至今》則由范卓庭童軍團長撰寫。